Församlingens historia har sina rötter i tidigt 1900-tal men kom 1937 att bli en självstädig församling då en stor grupp medlemmar lämnade Baptist- församlingen Betania och bildade Filadelfiaförsamlingen. Genom ett samgående med Ebenezerförsamlingen 1954 tillfördes närmare 150 medlemmar. Församlingen har haft sin gudstjänstlokal i en teater, i en nedlagd bowlinghall, i en nybygd kyrka på Borgmästaregatan (som rivits sommaren 2007) och sedan 1999 i ett delvis ombygd soldathem, Ryttargårdskyrkan. Medlemsantalet är ca 900.
Filadelfiaförsamlingen bildades 1937 i och med att 360 medlemmar lämnade Baptistförsamlingen Betania. Därmed har församlingen sina historiska rötter som en baptistförsamling. Under slutet av 1920-talet pågick en märklig väckelse i Linköping med 100-tals nyomvända och döpta. Denna period i Linköping hade en tydlig koppling till den frambrytande Pingstväckelsen.
Filadelfiaförsamlingen kom redan tidigt att ha sin relation till Örebromissionen som var den riktning inom Svensk frikyrka som kan sägas stå för en karismatisk inriktning av Svensk baptism. Ytterligare ett kännetecknande drag för församlingen är det stora missionsintresset. Många missionsarbetare har sin hemvist i församlingen och ca 1/4 av insamlingsbudgeten i församlingen går till arbete utanför Sverige.
Filadelfiaförsamlingen samlades under de första åren i tillfälligt hyrda lokaler som Teatern i Linköping eller Hushållningssällskapets lokaler. 1944 invigde församlingen sin första kyrka i egen fastighet i en f.d. bowlinghall som var belägen mellan Ågatan och Borgmästaregatan. 1954 ansluter sig 152 medlemmar från Ebenezerförsamlingen i Linköping som var en baptistförsamling bildad 1905. Planerna att bygga en ny kyrka tog fart och 1959 kunde den nya Filadelfiakyrkan, vid Borgmästaregatan invigas. Antalet medlemmar hade då ökat till 771.
Den nya kyrkan kom att ge församlingen ett nytt ansikte i stan och antalet medlemmar fortsatte att öka. 1985 hade församlingen ökat till 866 medlemmar som då vare den högsta noteringen sedan bildandet 1937. Församlingen har under åren bedrivit verksamhet på flera orter inom och utom kommunen bl.a. i Ljungsbro, Ledberg, Åtvidaberg och Björsäter. Av dessa har församlingsgruppen i Björsäter bildat en ny ekumenisk församling 1986. Församlingen i Ljungsbro blev 1988 en fristående församling. 1996 bildas ytterligare en ny församling av i huvudsak medlemmar från Filadelfiaförsamlingen. Johanneskyrkan är ett exempel församlingsplantering som fått sitt stöd av Filadelfiaförsamlingen.
1997 inköptes f.d. Soldathemmet ”Ryttargården” och ett intensivt planeringsarbete för en ny kyrkolokal inleddes. Den 1 april 1998 satte byggnadsarbetet igång och församlingen kunde inviga den nya kyrkan i mars 1999.